如何解讀腫瘤基因檢測報告？
我們以某基因檢測公司的報告為例，通過報告解讀來講解基因檢測報告中到底在說什麼。
1、報告結構
報告從結構上可以分為很多個部分，首先是報告的基本信息，然後是用藥提示這一部分，通過用藥提示我們可以對整個報告所有的結果有一個認識，所有的重要結果都可以從用藥提示里看到，然後用藥提示分為兩部分，一個是靶向用藥提示，第二個是化療用藥提示。然後再下面的一部分是一個變異檢測結果，意思就是說是在患者血液的ctDNA檢測到的所有結果都在這裡面，如果有基因拷貝數變異的話，它也在拷貝數變異檢測結果裡頭。
再接下去的一頁，是目前NCCN指南推薦的檢查，我們把這些靶向藥物和對應的基因檢測結果整理出來，方便臨床大夫看到結果。但實際上，我們檢測的，要比這些列舉的多很多。再後面的話就是靶向藥物解析結果，其中這個又分成了很多個部分，首先第一個大表格提示敏感的靶向藥物，接下來是提示耐葯和無效的靶向藥物。如果發現耐葯的基因位點，會在這個表格裡面寫明。最後一部分，是研究結論不一致的靶向藥物，這個是有的文獻支持某個基因突變對靶向藥物敏感，有的文獻則不支持，對於這部分結果我們放到哪裡。再後面是化療藥物解析，這一般會有2-3頁。
最後面是報告的參考文獻，即判斷靶向藥物的敏感和耐葯所引用的參考文獻，以及一些臨床實驗的列表。最後把我們檢測的基因，以及我們檢測所涉及的一些局限性也放到這裡了。
圖1
2、變異檢測結果
如下圖，我們可以看到這份報告的檢測結果，總共有十二行。每一行代表一個基因的一種突變，最前面是基因的名字。第二列是基因的鹼基改變，DNA的變化，第三列是氨基酸的改變，最後一列是突變頻率，由於正常細胞也會裂解釋放DNA，ctDNA里不只是腫瘤細胞的DNA，突變頻率指的是檢測到的腫瘤的突變占所有的DNA中這個基因位點的頻率，突變頻率越高，表明腫瘤細胞占的百分比就越大。
圖2
在這個病人的樣本，我們可以看到，第一行的EGFR基因的19外顯子缺失突變，佔到了51.9%，這個突變是個對靶向藥物敏感的突變，在這裡它還是存在的。理論上患者對特羅凱耐葯了，為何它還存在，這個在第三行大家可以看到T790M存在，而且突變頻率也很高，有32.5%，對於第一代和第二代耐葯最常見的原因就是T790M，大約有50%是這個突變導致的耐葯，好消息是剛批准的9291是可以控制T790M突變導致的耐葯。但是這個患者也用了9291，但是耐葯並且進展。大家往下看報告，可以看到EGFR基因的C797S，這個突變會導致T790M耐葯，這個突變頻率有18.4%，也是很高的。從這幾個突變位點，可以部分解釋了患者對目前靶向藥物的不敏感的原因，另外我們還通過二代測序檢測到了其他耐葯原因，即患者在EGFR基因、HER2基因存在拷貝數擴增，從血液里檢測出拷貝數擴增，這是很不容易的，一般檢測到的是基因的點突變。同時存在EGFR和HER2擴增也是會導致患者對EGFR-TKI耐葯。通過這麼多不同原因，如T790M和C797S突變，EGFR、HER2擴增，我們可以大致了解患者究竟是什麼原因導致了耐葯，下一步我們就會希望了解，究竟是有什麼樣的治療方案呢。
圖3
對於其他的基因突變，如TP53，突變頻率也很高有36.7%，或者第四行，RB1基因，突變頻率有20.5%，這也是很高的。當然下面還有突變頻率較為低的突變，但是這些並沒有在第一頁展示出來。這是因為雖然這些基因突變了，但是沒有針對這些突變的靶向藥物存在。所以，希望大家理解的是，雖然能找到基因突變，但是不是所有的基因突變有對應的靶向藥物，即找到基因突變，並不是意味著一定會有對應的靶向藥物，這是很重要的一點。
重複圖2
如RB1基因是一個失活突變，這個基因失活會導致對帕博西林的耐葯，但是由於帕博西林這個葯並沒有在FDA批准到肺癌裡面，所以我們沒有在報告里放這個，但是我們會在與患者溝通時闡釋這個結果。大家看到ROS1、ALK基因也有突變，但是雖然有突變，但是這個突變沒有在很重要的位置，不影響蛋白的功能，也不適合用對應的靶向藥物進行治療。一般而言，首先我們要把基因突變給檢測出來，然後我們會判斷這個基因突變是否影響了蛋白的功能。只有真正影響了基因的功能，失活或者持續活化，這樣的情況下，靶向藥物一般才能起到一定的抑制作用，也才能判斷一個患者是不是適合用相對應的靶向藥物。
3、用藥提示
接下來我們回到靶向藥物提示這裡。在這裡我們會標明推薦的靶向藥物，不推薦的靶向藥物，這裡的推薦和不推薦的依據是基因的突變類型，如果是矛盾的結果，即有的文獻提示敏感，有的文獻提示耐葯，則放到最後一列，即有爭議的結果裡面。我們可以看到EGFR的變異分為五行，第一行是最開始就有的19外顯子缺失，第二行是T790M突變，第三行和第四行是導致T790M耐葯的C797S突變，最後一行是EGFR的拷貝數擴增。從這裡可以看到，雖然是同樣的EGFR基因，不同的位點的突變對應的藥物療效是不一樣的。如第一行的外顯子19缺失是提示對吉非替尼等敏感，我們將其放入第四列。同樣T790M突變，提示對吉非替尼等耐葯，我們將其放入耐葯的那一列。同理C797S突變，提示對T790M突變耐葯。EGFR擴增也預示對應西妥昔單抗和帕尼單抗藥物敏感，但是EGFR基因擴增對應吉非替尼等藥物的療效目前存在爭議，有文獻說EGFR擴增對於TKI藥物仍舊是敏感的，但有的文獻說二者沒有關係，所以我們將其放入最後一列——研究結果存在爭議。
圖4
對於Her2拷貝數增加，有曲妥珠單抗，拉帕替尼等是有效的。但是根據文獻來說，這些藥物有的說有效，有的則報道無效，對於這些結果我們都放入研究結論不一致裡面。
所以，我們一般會綜合患者的基因檢測結果，最後進行判斷哪些藥物是推薦的，哪些是不推薦的。所以大家可以從這裡看出來，我們最終推薦的是西妥昔單抗和帕尼單抗。而對於正在用的9291並沒有推薦，因為出現了耐葯的突變，這與臨床上的結果，即患者正在使用9291但是病情進展的結果是相一致的。
但是雖然我們推薦了西妥昔單抗和帕尼單抗，但是患者還存在Her2擴增，所以對於患者使用我們推薦的藥物後，效果究竟怎樣，也是不好說的。這種情況下，一般是根據患者之前的治療經過，副反應等進行綜合考慮，並跟患者溝通其治療過程，再進行權衡判斷。也是說到為何我們給患者推薦了西妥昔單抗，還是不敢肯定結果如何。就是因為患者的其他基因突變，即攜帶T790M和C797S突變的癌細胞對於西妥昔單抗是不敏感的。這也是靶向藥物很大的一個缺陷，即只能殺滅一定靶點的癌細胞，對於其他的靶點它是無能為力的。
回到這個患者的情況，我們查文獻發現，有患者同樣是存在EGFR擴增和Her2擴增，這部分患者使用了西妥昔單抗加拉帕替尼後，有一定的效果。在這個研究中，有18個患者，3個部分緩解，9個患者疾病穩定，83%的臨床獲益。只是不同的是，那些患者沒有EGFR的外顯子19缺失，沒有T790M突變，所以究竟患者使用了這些藥物後效果如何，我們還沒有這方面的報道。
如果患者的身體狀態較好的情況下，還可以推薦使用化療。說到化療，我們在第二部分有個化療藥物的提示，對於化療藥物提示，我們推薦力度不像是靶向藥物那麼大。這裡頭有很主要的原因是，第一是化療藥物解析方面，能找到的療效證據是來自於人群的研究。也就是說化療藥物的敏感性，是基於兩個人群，如A人群的基因型是A，B人群的基因型是B，如果A人群的化療藥物效果好，就歸納為A型基因對化療藥物效果好，但這是人群的平均結果，如果是歸納到單個人上，這個支持力度就有限了。另外一個原因，靶向藥物是反映腫瘤細胞的基因突變，而化療藥物是查的白細胞的基因多態性，對化療藥物敏感性的結果都是來自白細胞的突變。我們用正常細胞的基因突變去預測化療藥物作用於腫瘤細胞的療效，這個指導意義是很受限的，但如果我們用正常細胞的基因突變去預測化療藥物的毒副作用，這個結果會好一些。即對於化療藥物的療效，其實要根據臨床實際來決定來的，即只有在有兩種化療藥物供選擇的情況下，再參考化療藥物毒副作用、敏感性結果。
圖5
這個患者之前用過的化療方案，如果效果很好情況下，可以嘗試化療。如何患者身體條件很好的情況下，可以做下化療。這些化療藥物敏感性的檢測結果要根據臨床的肝腎功能、身體狀況來決定的。最後小結，患者查到很多基因突變，但是很多基因突變沒有靶向藥物。在EGFR基因存在很多突變，突變類型很複雜，除了有外顯子19之外，還有T790M，以及C797S。同時還有EGFR和Her2的擴增，這也可能是其對EGFR-TKI耐葯的原因。經過這個綜合檢測、綜合的分析後，我們認為患者適合的靶向藥物是西妥昔單抗和拉帕替尼這樣的治療。如身體狀態較好，可以進行化療，即一種靶向藥物並不能清除所有的癌細胞。這裡把這個中間的邏輯儘可能講清楚了，具體到某個突變使用某個藥物，具體解析可見靶向藥物解析那個表格裡面，對於每個突變進行文獻查找，最後進行綜合分析。
圖６
這個患者是2011年6月發現肺腺癌，發現時沒有了手術機會，使用了標準的化療方案，後來骨轉移，做了放療。後來發現EGFR的L858R突變，使用特羅凱效果很好。後面特羅凱耐葯後使用2992，2個月後換用了特羅凱加卡博替尼，還是出現了進展，想通過基因檢測看看為何是耐葯了，尋找下一步的治療方案。
圖７
在變異檢出的那一頁，可以看到EGFR的突變是L858R，突變頻率是2.4%，另外一個是TP53的錯義突變，頻率是1.8%。從患者的基因突變結果來看，只是找到了EGFR的突變，頻率也不是很低。但是沒有T790M、MET擴增、EGFR擴增等耐葯的突變都沒有檢測到。由於患者之前的EGFR的敏感突變還存在，所以我們還是推薦患者使用EGFR-TKI這麼一種藥物。從這裡也可以看出來，真正用藥時還是要結合臨床實際來的。
圖８
但是患者已經是特羅凱耐葯了，加184效果也不好，究竟是什麼原因導致的耐葯呢，我們查了很多文獻，其實也沒有查到真正耐葯的原因。這種情況的概率是30-40%，即從基因突變的角度找不到耐葯的原因。這裡有個可能的原因是， 我們檢測了52個基因，其他的沒有包含在內的基因發生了突變，導致了耐葯。由於這些突變目前沒有對應的靶向藥物，所以我們沒有著重去檢測他們。也有一種可能，即我們對EGFR耐葯突變了解還不充分。即我們全球在EGFR基因耐葯的認識還有一些偏差，所以有30-40%的病人是找不到耐葯原因的。
圖９
雖然找不到原因，從結果上看，由於敏感突變存在，所以患者還需要特羅凱去控制，即攜帶這些敏感突變的癌細胞可能具有很強的生長優勢，如果不使用藥物把他們給控制住，可能就會導致這部分癌細胞失控。另外一個，是患者使用阿法替尼，即希望去控制Her2擴增，效果不是很理想，可能患者體內沒有Her2擴增，可能效果未必會比特羅凱好。現在加用卡博替尼，即針對MET擴增靶點並沒有在基因檢測中被檢測到，可能這也並不是最合適的選擇。但卡博替尼還有個VEGFR靶點，有一定抑制血管生成的作用，所以聯用這兩個靶向藥物是有一定道理的。
對於這個報告，我們最想了解的是特羅凱加卡博替尼的治療效果是不是很好，如果不是很理想，則可以使用抗血管生成抑製劑這樣的藥物。對於血管生成抑製劑藥物，如果我們基因檢測發現VEGFR擴增我們會給出提示，但沒有DNA水平擴增，但是患者也可能是VEGFR高表達，如果這樣使用抗血管生成藥物會效果較好。我們比較了幾種肺癌常用的血管生成抑製劑，一個是貝伐單抗，一個是凡德他尼，凡德他尼既有EGFR靶點還有VEGFR靶點，臨床數據提示凡德他尼和化療聯用的數據也很不錯，所以如果患者特羅凱和卡博替尼聯用效果不好，倒是可以使用貝伐單抗。如果患者身體條件可以，也可以使用一段時間的化療，看是否可以把敏感的和不敏感的癌細胞給清除掉。
對於這個案例總結是雖然患者對EGFR-TKI耐葯，但是耐葯機制不是T790M或MET擴增導致的，所以治療上不能按照常規的一代耐葯換二代，二代耐葯換三代。應該考慮特羅凱加卡博替尼治療效果，如果不是很理想，可以考慮使用貝伐單抗或凡德他尼這樣的藥物來治療。如果身體准許條件下，可以進行化療，即有研究表明化療一段時間後，之前耐葯的靶向藥物可能會變得重新敏感。從這個案例可以看出，對於EGFR-TKI的耐葯機制也不是100%的了解，對於一些案例可能很好地解釋了什麼藥物合適，什麼藥物不合適。但是對於另外一些案例，可能查了半天，並不能給出很清晰的結論，用那種藥物合適。要解決這個問題，我們能夠做的也就是緊跟國內外的研究進展，如果有進展則納入我們的知識體系當中，希望能解決越來越多的問題。這也是一個基因測序公司需要不斷地查閱文獻，累積相應的資料庫。
編者：id4hehe
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