唐高宗登基後對玄奘猜忌多於支持
唐僧是一位婦孺皆知的文學形象，雖然大家都是通過吳承恩的《西遊記》記住的。在小說中唐僧成為了一個得到唐朝支持的取經者，而事實上，玄奘的西遊是違法的，屬於偷渡，而且其回來之後過得也並不那麼舒心，唐朝對其是猜忌高於支持的。
如果說中國古代和西方古代有什麼區別，那不用思考就能想到王權和神權的問題。在西方神權要高於王權，而在中國，世俗的王權卻遠高於宗教神權，一切神權均要依附於神權才能存在。玄奘的歸來引起了唐朝的宗教狂熱，從而引起了皇權的警惕。而對於世俗化的唐朝政權來說，在朝廷之外出現另一個精神崇拜中心是非常危險的。也正因此，唐朝對玄奘的防範才是比較重的。
李世民本人比較開放，所以玄奘和李世民達成了一定默契，但是卻沒答應讓玄奘回少林寺，而是在長安設立譯經院。在李世民老年時，玄奘和李世民的一批臣子相處得不錯，而且李世民本人也因為玄奘，慢慢的對佛教產生了好感。玄奘因此一度向李唐皇室提出了一系列提升佛教地位的要求：如讓佛教徒在司法審判中享受特權，放開對佛教寺廟數量限制等等，他希望佛教能替代道教成為唐朝的國教。但是隨著貞觀二十三年（649年）李世民駕崩，李治登基，一切就都發生了變化。
唐朝的皇帝把自己的族譜追溯到老子李耳，唐高宗更傾向於道教，還把老子封為太上玄元皇帝，下聖旨將道教排在佛教前面，「況道先佛後，又何疑焉！」唐高宗還認為：黃、老，中國之大聖，佛乃西胡之善人。再加上在政治上還警惕形成宗教的一種勢力。於是無論從宗教角度和世俗權力角度，佛教和玄奘都要靠邊站，於是李治對玄奘採取了表面熱情但私下打壓的態度。不過後來武則天進了後宮，她信奉佛教，所以唐高宗對玄奘也是時冷時熱。
顯慶二年（657年），唐高宗和武則天到洛陽去住，也把玄奘帶過去，其實也是一種監視，安排他住在西苑的積翠宮。玄奘曾向唐高宗上表到少林寺翻譯佛經，唐高宗不准許。
玄奘在積翠宮繼續譯經，積勞成疾，這次病得非常嚴重。積翠宮連醫生都沒有，玄奘沒有請示唐高宗，直接從積翠宮到了洛陽一個寺院，請醫生來治療。結果此舉惹得唐高宗不滿，玄奘見狀就上表請罪。
顯慶三年（658年），唐高宗帶玄奘回到長安，卻把玄奘安排到了新建的西明寺，給了玄奘十個新弟子。而玄奘原來培養的譯經人才都在弘福寺和慈恩寺，這導致玄奘無法正常翻譯佛經。再加上唐高宗和武則天開始整肅舊大臣，特別是原來唐太宗留下來的重臣，如長孫無忌、褚遂良等，長孫無忌最終被逼死。而這些大臣多與玄奘關係良好，這無形中就給玄奘惹上了政治麻煩。
一方面為了翻譯，一方面為了避禍，玄奘上表請求到非常偏遠的陝北玉華寺去，並請派五個衛士把守寺門。唐高宗看到是偏遠之地，就准許了。
玄奘晚年在陝北的玉華寺專心翻譯《大般若經》。玉華寺是由唐太宗的避暑行宮玉華宮改建而成，冬季氣候較冷。
玄奘早年西行去印度求法，經過大雪山，受過風寒，落下風疾，回國後曾屢次發病。在翻譯完六百卷《大般若經》後，感覺時日無多。
麟德元年（664年）正月初一，眾弟子請他接著翻譯《大寶積經》，也大約有六百卷，玄奘法師只翻譯了幾行就擱下，沒有再接著翻譯《大寶積經》。
玄奘說：「此經部軸與《大般若》同，玄奘自量氣力不復辦此，死期已至，勢非賒遠。」
正月八日，一個高昌國僧人玄覺，夢見有一尊佛像非常高大，忽然崩倒。玄覺非常吃驚，就告訴玄奘法師。玄奘說：不是你的事，這是我謝滅的徵兆。正月初九晚上，玄奘到後房去的時候，邁過一個小溝渠，大概是因為結冰的緣故，就跌倒了，但沒有什麼大礙，只是腿上擦破了點皮。一連四天，都還可以隨意走動。正月十三日，玄奘就卧病在床。正月十六日，玄奘無論睜眼閉眼總看到白蓮花：「吾眼前有白蓮華，大於槃（盤），鮮凈可愛。」
正月二十三日，「玄奘此毒身深可厭患。所作事畢無宜久住。願以所修福慧回施有情。共諸有情同生睹史多天（兜率陀天）彌勒內眷屬中。奉事慈尊。佛下生時。亦願隨下廣作佛事。乃至無上菩提。」「南無彌勒如來應正等覺，願與含識速奉慈顏；南無彌勒如來所居內眾，願捨命已必生其中。」
二月五日夜半，「弟子光（普光）等問。和上決定得生彌勒內院不。法師報雲。得生。言訖喘息漸微。少間神逝。」百萬餘徒子徒孫和信徒將其靈骨葬於長安附近之白鹿原。玄奘就這麼在唐朝的猜忌中圓寂了，但是他的故事卻是代代相傳。
唐朝末年，天下大亂，玄奘靈骨被寺僧移至終南山；到了宋代，金陵高僧來終南山朝拜，發現玄奘法師頂骨，遂迎至金陵天禧寺供奉。
