尼安德特人的Y染色體完全來自智人
1997年，我們首次為尼安德特人的DNA測序(只是線粒體基因組的一小部分)，樣本來自1856年德國尼安德河谷發現的遺骸。此後，分子技術的進步使馬克斯·普朗克研究所的科學家得以為進化人類學確定尼安德特人常染色體基因組的高質量序列，並發現了一個早已滅絕的全新人類分支，即丹尼索瓦人，他們是亞洲尼安德特人的親戚。
但是，由於所有保存良好，足以產生足夠數量DNA的標本都來自女性個體，因此之前無法對尼安德特人和丹尼索瓦人的Y染色體進行全面研究。常染色體基因組記錄著人類祖先的數千譜系，而Y染色體則具有獨特的遺傳模式——僅由父本傳遞給兒子。Y染色體以及母體遺傳的線粒體DNA對人類歷史的研究極為重要。
科學家確定了一具可用於DNA分析的尼安德特男性遺骨和兩具丹尼索瓦人的遺骸，並開發了一種從被污染的古代骨骼和牙齒上的大量微生物DNA中提取人類Y染色體分子的方法。他們能夠重建這些個體的Y染色體序列，而之前的常規方法是不可能做到這一點的。
研究小組發現，比起丹尼索瓦人，尼安德特人的Y染色體更接近現代人的Y染色體。
實際上，這是一個信息量很大的發現……Y染色體序列提供了新證據，表明尼安德特人和現代人的祖先在非洲大遷徙之前就已經相遇並交換了基因——可能早於370000年前。這意味著與歐亞大陸早期人類有密切關係的某些智人分支一定已經抵達了那裡。令人驚訝的是，雜交導致原始尼安德特人的Y染色體被現代智人的整體替換。
早期尼安德特人的Y染色體和mtDNA被完全替換令人十分費解，因為這種事件不太可能僅憑偶然發生。研究人員使用計算機模擬結果表明，現代智人的Y染色體比起尼人原本的Y染色體更加……優越，至少在進化論的角度來說是如此。
因為尼安德特人種群規模長期不足，內部可能存在近親繁殖的隱患，導致其Y染色體退化，降低了適應性。「我們推測，鑒於Y染色體在生殖和繁殖中的重要作用，尼人Y染色體的退化可能導致自然選擇傾向於來自智人祖先的Y染色體 ，結果就是智人的Y染色體徹底替換掉了尼人原本的Y染色體。」
https://phys.org/news/2020-09-neandertals-male-sex-chromosome-modern.html
